Οι προσλήψεις και οι ασφαλιστικές υποχρεώσεις των ναυτιλιακών εταιρειών αποτελούν από μόνα τους ένα διαφορετικό κεφάλαιο ως προς την παρακολούθηση και υποβολή των εντύπων Α.Π.Δ. Ναυτικών. Στην ΑΠΔ Ναυτικών δηλώνονται εισφορές υπέρ Κύριας Ασφάλισης, Κεφαλαίου Ανεργίας - Ασθένειας Ναυτικών (ΚΑΑΝ), πρώην Κεφαλαίου Επικουρικής Ασφάλισης Ναυτικών (ΚΕΑΝ) και πρώην Ταμείων Προνοίας Εμπορικού Ναυτικού (ΤΠΑΕΝ, ΤΠΚΠΕΝ) του ΕΤΕΑΕΠ, Ειδικού Λογαριασμού Οικογενειακών Επιδομάτων Ναυτικών (ΕΛΟΕΝ), Εστίας Ναυτικών (ΕΝ), Κεφαλαίου Ναυτικής Εκπαίδευσης (ΚΝΕ), Ναυτικού Επιμελητηρίου Ελλάδος (ΝΕΕ). Το πλήθος και η πολυπλοκότητα των ταμείων μπορεί να απλοποιηθεί, επιλέγοντας τον κατάλληλο συνεργάτη διαχείρισης μισθοδοσίας.